copy startup-config running-config を実行しても、show configuration と show running-config の内容が一致しない

copy コマンドで、コピー先に running-config を指定した場合、コピー元の内容が現在の設定にマージされる形になります。コピー元の設定で現在の設定が置き換えられるわけではないのでご注意ください。